Михаил Юрьевич Бабенко родился 23 декабря 1975 года. После окончания профессионального училища с 1994 по 1995 гг. проходил военную службу в звании сержант в 263-м отдельном разведывательном батальоне 55-й дивизии морской пехоты Тихоокеанского флота.

26 сентября 2022 года был мобилизован в 155-ю отдельную гвардейскую ордена Жукова бригаду морской пехоты Тихоокеанского флота. 25 января 2023 года гвардии сержант Бабенко принял последний бой в районе с. Южные дачи, г. Угледар Донецкой Народной Республики, во время выполнения боевой задачи по взятию укрепрайона, одним из первых подняв свое подразделение в атаку.

Указом Президента Российской Федерации за мужество и героизм награждён орденом Мужества.